Durch die Wechselfälle während der napoleonischen Kriege kamen die ältesten Archivbestände (unter anderem mehr als 15.000 Urkunden seit der Karolingerzeit) bereits im Jahr 1805, als Salzburg erstmals österreichisch wurde, nach Wien, wo sie sich auch heute noch befinden. Salzburg betrachtet den Verbleib seiner Archivalien in Wien nach wie vor als ungelöstes Problem. Gegen Ende der bayerischen Herrschaft (1810 bis 1816) wurden alle Archivalien, die sich auf die ehemals salzburgischen Gebiete im heutigen Rupertiwinkel bezogen, nach München verbracht.
Die Zusammenfassung aller in Salzburg verbliebenen Archivbestände gelang nach der endgültigen Angliederung Salzburgs an Österreich erst im Jahr 1827 durch die Gründung der Zentralregistratur. Das moderne Salzburger Landesarchiv betrachtet die Einrichtung einer dauernden Archivarsstelle im Jahr 1875 als sein eigentliches Gründungsdatum.
Die Zentralregistratur als Sammelstelle für alle Archivbestände wurde wieder im Neubau untergebracht und blieb, abgesehen von den oftmaligen Wanderungen innerhalb des Gebäudes, bis Herbst 1941 dort. Dem damaligen „Reichsgauarchiv“ wurden Räumlichkeiten im konfiszierten Kloster St. Peter zugewiesen, wo das Salzburger Landesarchiv auch noch nach der Rückgabe des Gebäudes an den Benediktinerorden 1945 eingemietet blieb.
Auf Drängen der Abtei entschied sich die Landesregierung nach Prüfung mehrerer Standorte im Jahr 1965 für einen Neubau des Landesarchivs im Süden der Stadt Salzburg. 1970 konnte das funktionelle Gebäude, das für alle österreichischen Landesarchivbauten seither als Vorbild dient, bezogen werden.
Mit der Erweiterung der Raumreserven auf insgesamt 15,5 Kilometer Regalstellflächen durch den Ausbau des Dachgeschoßes und dadurch, dass das Landesarchiv durch angegliederte Regionalarchive für den Pinzgau in Zell am See und für den Pongau in Werfen entlastet wird, kann das Salzburger Landesarchiv auch heute noch seinen Aufgaben im Dienste des Landes und seiner Bürgerinnen und Bürger voll gerecht werden.
