Die Relevanz der Natura 2000-Gebiete in der Europäischen Union zeigte sich zuletzt im April 2018 in einem vielbeachteten Urteil des Europäischen Gerichtshofes, der die Bewirtschaftungsmaßnahmen der polnischen Regierung im Natura 2000-Gebiet als Verstoß gegen die Verpflichtungen des Mitgliedstaates aus den beiden Natura 2000-Richtlinien (Habitat- und Vogelschutzrichtlinien) verurteilt. Nach eingehender Analyse vorgenommenen Bewirtschaftungsmaßnahmen und ihren Folgen kommt der EuGH zu dem abschließenden Urteil, dass die Durchführung der Maßnahmen der aktiven Waldbewirtschaftung nicht zum Erhalt des Natura 2000-Gebietes Puszcza Białowieska beiträgt, sondern vielmehr zu dessen teilweiser Zerstörung führt.

Bezüglich der Ausgestaltung der zukünftigen EU-Förderperiode 2021-2027 im Zusammenhang mit der Bewirtschaftung von landwirtschaftlichen Flächen hat die Europäische Kommission in ihrem Vorschlag vom 1. Juni 2018 (s.a. Europa Spezial Nr. 16) erneut eigene Regelungen für eine Förderung der Bewirtschaftung von Flächen (u.a. für Natura 2000-Schutzgebiete) vorgeschlagen. Der Vorschlag der Europäischen Kommission sieht vor, dass die EU-Mitgliedstaaten hierfür eigene GAP-Strategiepläne (GAP = Gemeinsame Agrarpolitik) erstellen, die u.a. aus Mitteln des EU-Fonds für ländliche Entwicklung (ELER) zu finanzieren wären. Artikel 65 und 67 des EK-Vorschlags vom 1. Juni 2018 sehen eine Normierung der Investitionskategorien zu den Umwelt-, Klima- und anderen Bewirtschaftungsverpflichtungen bzw. zu den gebietsbezogenen Benachteiligungen, die sich aus bestimmten verpflichtenden Anforderungen ergeben, vor.
Für die nächste EU-Förderperiode (2021-2027) würden dem EK-Vorschlag zufolge ungefähr dieselben Kriterien gelten wie heute. Für die Dotierung legt der EK-Vorschlag grundsätzlich dieselbe Höhe wie derzeit (2014-2020) vor. Die tatsächliche Ausgestaltung der Höhe von Förderungen 2021-2027 hängt von den Maßgaben der einzelnen Mitgliedstaaten ab, die diese im Rahmen ihrer nationalen GAP-Strategie subsidiär regeln.

Mit der Richtlinie zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen, 92/43/EWG (Fauna-Flora-Habitatrichtlinie) wird das Netz „Natura 2000" eingerichtet. Dabei handelt es sich um das weltweit größte ökologische Netz. Natura 2000 umfasst besondere Schutzgebiete, die von den EU-Ländern im Rahmen dieser Richtlinie ausgewiesen werden. Natura 2000 umfasst darüber hinaus ausgewiesene besondere Schutzgebiete im Sinne der Vogelschutzrichtlinie (Richtlinie 2009/147/EG).

In Salzburg ist die Fauna-Flora-Richtlinie und die Vogelschutzrichtlinie in mehreren Landesgesetzen umgesetzt. Eine Ausweisung von Natura-2000 Gebieten erfolgt in Salzburg auf Grundlage des Naturschutzgesetzes (Europaschutzgebiete) und für zu berücksichtigende jagdbare Arten gegebenenfalls als Wild-Europaschutzgebiete nach dem Salzburger Jagdgesetz. Ausgewiesen werden die Gebiete in der Regel mittels Europaschutzgebietsverordnungen durch die Landesregierung. Auch der gesamte Nationalpark Hohe Tauern ist in Salzburg ist in Salzburg Natura-2000 Gebiet und damit Teil dieses EU-weiten Schutzgebietssystems.